Seit der Gesetzesänderung am 01.06.2008 ist unter Umständen auch die Ausländerbehörde berechtigt, die Vaterschaft anzufechten (vgl. § 1600 BGB). Wichtige Voraussetzung für die Anfechtung ist, dass zwischen dem Kind und dem Anerkennenden keine sozial-familiäre Beziehung besteht oder bestanden hat. Zusätzlich muss durch die Anerkennung der Vaterschaft die rechtliche Voraussetzung für die erlaubte Einreise oder den erlaubten Aufenthalt des Kindes oder eines Elternteils geschaffen worden sein. Die Behörde muss sich auch an besondere Fristen halten. Die Vaterschaft muss binnen eines Jahres Kenntnis der anfechtungsberechtigten Behörde angefochten werden. Die Anfechtung ist spätestens nach Ablauf von 5 Jahren seit der Wirksamkeit der Anerkennung der Vaterschaft für ein in Deutschland geborenes Kind ausgeschlossen; ansonsten spätestens nach der Einreise des Kindes. Das örtlich zuständige Familiengericht entscheidet über einen auf die Anfechtung gerichteten Antrag der Ausländerbehörde.

Wurde ein Antrag auf Erteilung oder Verlängerung einer Aufenthaltstitels gegenüber der Ausländerbehörde gestellt, ist, wenn die Vaterschaft aufenthaltsrechtlich relevant ist, von der Ausländerbehörde die Entscheidung bis zum Abschluss des Verfahrens auszusetzen (vgl. § 79 Abs. 2 AufenthG). Die Ausländerbehörde erteilt in diesem Fall zunächst eine sog. Fiktionsbescheinigung.

Im Falle einer erfolgreichen Vaterschaftsanfechtung wird die Vaterschaft rückwirkend beseitigt. Es entfällt der Erwerb der deutschen Staatsangehörigkeit und ein zuvor erteilter Aufenthaltstitel kann gegebenenfalls zurückgenommen werden.